A Congregação Presbiterial de Jaguapitã - Pr, está jurisdicionada ao Presbitério Norte Novo Paraná (PNNP), que pertence ao Sínodo Norte do Paraná (SNP), sediado na cidade de Maringá-Pr, que está subordinado na sequência ao Supremo Concílio da Igreja Presbiteriana do Brasil, que é regido pela nossa CI/IPB.